觉醒以后，很大程度上依赖修禅定来完成对身体和头脑的掌控能力。让身体和头脑相互配合，凝成一股专注力量在觉醒的道路上精进。内在道路要求一个人不携带欲望、头脑、情绪、个人问题才能自由进入第一个门槛。而且只能一个人单独前行，没有同伴、行囊和地图。这种全然“献身”只能依赖内在智慧的引导，身后也不会留下足印。这种视野绝非平常经验，平常经验常常让人陷入单调和重复的循环，内在道路却让人感受到因灵性世界开启带来的光明之旅。而新奇感则是它前进的驱力和诱惑。
控制头脑也是为了最终的悟道。既然无形世界不在感官和头脑意识可以触及的层面，那首先要能排除掉这些表面方式和工具才行。一般情况下，头脑很难自己停止下来，而且停止的时间不会超过几秒，这几秒之内也只是念头与念头之间的暂时休息，潜意识仍然在活动。而悟道却要求一个人能够失去头脑意识，并在三摩地当中维持一个较长时间。潜意识的干扰也要停止，这样才有机会让真实本体显露出来，并被智慧识别。
不过这种控制最终在证道以后被释放。那时候不再需要通过禅定来控制。因悟道而带来的真知，让头脑带来的负面影响降到最低。就象被拔掉了牙齿的毒蛇不会带来威胁。当头脑获得真知就不会对一切思想结论和伪真理感兴趣，所以头脑是可以非常自由的，不受任何想法和观念的左右。对于一般人想法往往具有实体感，对于头脑自由的人，想法可凝聚可虚化，不会在头脑和心里留下任何痕迹，因而也不会产生执着。“心不系道，亦不结业”，心里虽不想着如何修道，但也不会去制造业力。这就是一种自由和解脱的状态，这种状态从觉醒开始就要慢慢成为一个可体验的目标指向。
但是在那之前是不得不学会控制的，以便将头脑导向有意识的某个方向。头脑在生活、环境、精神压力和各种信息轰炸之下，几乎失去了敏锐地感知能力。这种能力只能通过训练而发挥其功能，让其作为一个有用的工具，同时又不因其四处漫游而影响心灵的专注。而且头脑的过度活跃也会导致消耗大量的精力。除了情绪最大的能量消耗就是头脑，两者通常会相互影响。而一个清晰、敏锐、有方向感的头脑即便在工作当中也不会损耗太多能量。这样的头脑在禅定中就可以保持足够的观照，能够和直觉结合，感受到不同的频率状态，调整不稳定的频率。
控制头脑也需要了解头脑的运作方式。在没有了解头脑运作的方式之前，头脑容易受到概念、逻辑和习惯思维的影响。比如一说到“控制”，头脑马上想到的方式就是压制和阻止念头；一说到“放下”，头脑又会理所当然把放下当做一种技巧来追求： “如何放下”？一说到“努力”，头脑又把努力当做一种外在的行为。当头脑习惯还停留在相当固化的模式，倾向于表面概念的理解，就不会用心去感受和理解概念背后所需要的心理状态。在灵性学习当中，心灵感受和内在领悟才是最关键的。
修禅定刚开始需要借助概念理解，用概念打破习惯，但是最后什么概念都不应执取。因为禅定就是一种彻底放下的心境，在这种心境里面，是无所作为的，但又不是昏沉、散乱的。唯有如此才能进入到头脑的本质里面去了解头脑。同时也不是空洞的，禅定需要将能量凝聚在一起。并借能量作为接触本体的手段。
所以不要对修禅定有“做”的行为，最好是把它看成一个自然的生活习惯。也不要让头脑太过激动和兴奋，急于追求一个结果。或者用压制和压抑的方式，把头脑看成一个对手，这些本身就是头脑的行为。一部分头脑想放下另一部分头脑，头脑无形中就被分裂了。生活中很多和头脑有关的疾病，如精神分裂、抑郁、焦虑，在一定程度上无不是对头脑的分裂行为无法决断取舍的结果。
对待头脑，要觉察它但是又不要过于关心它。不干涉它的自由但又不放纵它。就象看待一只调皮的猴子，你不去逗它、喂它食物，慢慢它就会无趣地走开。
对待头脑，就象老人照看嬉闹的小孩，身体放松表情漠然，而不要象一个操心的父母，处处紧绷。等到小孩闹累了，自然就会安静下来。
对待头脑要象对待一个亲密适中的朋友。如果这个朋友思想不靠谱，就不要靠得太近。如果这个朋友消沉低落，就要多一些包容和耐心。如果这个朋友自负骄傲，就要保持一点谦卑。
对待头脑，如同对待一池随风波动的水，不必使用工具再搅动它，越搅动越难平静，不如无所作为地让它自然恢复。
头脑也具有二元性功能。因为评判会带入二元性，所以要彻底控制头脑也要杜绝任何形式的评判行为，不给头脑的执着制造机会。意识到头脑的评判行为就要让其无效。这样就不会因为评判而给自己或他人带来负面影响。评判基于外在的感官现实或内在的主观想法，不一定就会带来真相。试图用头脑的方式来寻求一种真知，想象经验之外的答案，也会让头脑崩溃。唯有认识到头脑的局限、机械和荒诞，才能彻底从其中解脱出来。
除了控制头脑，在修禅定的第一个阶段也可能面对一些突发考验。这和海底轮的彻底净化有关系。海底轮所代表的是生存恐惧、财产恐惧、死亡恐惧、性的恐惧和现实的连接。特别是性的恐惧，它不仅仅是指害怕性，也包括对性的理解层次。当性意识从肉体快感上升到能量意识并进驻心轮和顶轮，性能量就实现它的最终价值。
在这个阶段所有隐藏未决的恐惧都要被释放出来，在禅定境界或外在生活中显化，以便生命之火得到全然净化和觉醒。这种生命之火上升到大脑的时候就会带来喜乐状态。
禅定的阶段有好几个层次。以进入三摩地的时间长短和速度来衡量：在第一个阶段，需要一些观照和准备的时间，达到的三摩地效果以感觉不到呼吸存在、头脑无思想、脉轮充满能量为准。在第二个阶段，只有很少的几秒钟准备就会进入三摩地，呼吸、脉搏、心跳停止。其中感觉不到身体意识存在。第三个阶段，无需准备而直接进入三摩地，身体出现了光场，称为三昧真火。这个光场可以阻挡任何外来的能量伤害。所有对人、非人类、环境的恐惧都会消失。第四个阶段，身体能量和外部能量开始交融和扩充，意识进入到无形层面。
觉醒以后修禅定并不需要太长的时间，如果觉醒前的基础做得好的话。刚开始一年一个阶段，越往后就越快，几个月就是一个新的阶段。但是修禅定的过程中也会有它的考验，那就是脉轮加速运转，释放所有脉轮中的堵塞能量带来的考验，以及内在境界带来的诱惑。而这种考验和诱惑在第一阶段仅仅是个开始。